"Nouvelles pratiques et cultures du numérique dans les sciences et les technologies"
Le Centre d'Alembert s'interroge, cette année, sur l'émergence de nouvelles pratiques et cultures dans la production du savoir scientifique, sa validation et sa circulation, sous l'influence des récentes évolutions du numérique en particulier afférentes à Internet. Lire la suite
Programme des séances et vidéos | Informations pratiques | Problématique du séminaire
Programme des séances :
Informations pratiques :
Les séances ont lieu à la Faculté des Sciences d'Orsay, bâtiment des colloques (338) de 13h30 à 15h30 (entrée libre)
Accès : http://g.co/maps/cq8yj
NB : Nous vous invitons à consulter régulièrement notre site Internet, des modifications pouvant intervenir, en cas de force majeure, dans la planification.
Problématique du séminaire 2011-2012 :
Il y a à l'évidence une science numérique, au sens où le numérique touche aujourd'hui tous les champs et toutes les modalités de l'activité scientifique, y compris dans les Sciences Humaines et Sociales où cette mutation est désignée par « digital humanities ».
Certes, depuis longtemps la science fonctionne en réseau et traite l'information numérique grâce à l'informatique, mais la synergie des effets de réseau et du numérique rendue possible par Internet induit des ruptures que ce séminaire tentera d'interroger. Ainsi, on a pu parler d'« intelligence collective » ou d'« intelligence des réseaux ». Le web social influe sur les communautés produisant du savoir et rend possible une veille informationnelle collaborative ; de nouveaux outils émergent concernant la recherche d'information - data mining -, la visualisation et la structuration de l'information (web sémantique) ainsi que le traitement de données nombreuses et dynamiques, que les sciences, le web social et l'open data accumulent. Les nouveaux développements concernant l'adressage et l'indexation des ressources sur le web, depuis les données brutes jusqu'aux publications, constituent un enjeu majeur pour retrouver l'information dans un contexte de surcharge informationnelle.
Si la science collaborative et citoyenne ne constitue pas une nouveauté non plus, elle a atteint une ampleur considérable grâce au réseau en permettant la collaboration à grande échelle d'« amateurs », tant pour traiter de grandes masses de données ou résoudre des problèmes (crowdsourcing) que pour contribuer à des projets de diffusion du savoir - Wikipedia en constituant l'exemple archétypique.
Parallèlement, l'ouverture technique rendue possible par Internet s'est accompagnée d'un mouvement en faveur du partage et du libre accès : logiciel libre et autres oeuvres libres, données libres ou ouvertes, mouvement des archives ouvertes pour la publication scientifique ; et d'une formalisation juridique de ces modes de partage (licences libres pour les logiciels et les contenus).
Assiste-t-on à une transformation profonde des pratiques de recherche, à une efficacité accrue, une accélération de la science ? Doit-on s'attendre à de nouveaux bouleversements dans l'accès au savoir et dans les modalités d'enseignement et d'apprentissage ? Quel est l'apport des sciences du web (semantique et social) et de la culture du web dans ces mutations ?
Telles sont les questions auxquelles le séminaire tentera d'apporter quelque éclairage.
Séance du 16 novembre 2011 :
En quoi les évolutions du numérique modifient en profondeur la manière de construire et partager le savoir : deux regards, scientifique et philosophique sur l'impact des propriétés du réseau.
La révolution Internet dans la communication scientifique, mythes et réalités.
David Monniaux
Chargé de recherche au CNRS, chercheur au laboratoire VERIMAG et professeur chargé de cours à l'École polytechnique.
C'est un lieu commun que de dire qu'Internet transforme totalement la communication des connaissances et des informations. On entend même parfois même parler d'un « rapport différent à la réalité » induit par le numérique. Certaines des nouveautés, certains des dangers dénoncés, ne sont-ils pas cependant bien plus anciens ? Quelles sont les vraies avancées ? Quels nouveaux moyens pour le travail scientifique, la communication scientifique, la publication, la vulgarisation ?
Voir l'intervention de David Monniaux
Présentation (pdf)
Le Web : externalisation, mise en réseau et socialisation des objets du savoir.
Alexandre Monnin
Responsable recherche Web et métadonnées à l'IRI, doctorant à Paris 1, doctorant associé au CNAM, collaborateur extérieur de l'INRIA, enseignant en M2 à Marne-La-Vallée.
Pour être une création récente, le Web s'inscrit cependant dans la continuité de plusieurs traditions, des systèmes d'hypertextes à l'intelligence artificielle. Pourtant, à la différence de tous les systèmes qui l'ont précédé, cette « couche applicative d'Internet » a su passer à l'échelle du réseau mondial et consitue aujourd'hui LA plateforme d'échange(s) par excellence. Aussi, quiconque est aujourd'hui amené à s'interroger sur le monde numérique qui nous entoure, doit suffisamment spécifier sa pensée pour prendre en compte les contraintes propre au Web. Son architecture sous-jacente, qui demeure relativement stable malgré la succession des paradigmes (annuaires, moteurs de recherche, réseaux sociaux, etc.) constitue encore, à ce jour, un objet d'étude pour seuls spécialistes. Nous aimerions en présenter quelque aspects remarquables afin de mettre en lumière les spécificité du Web, sa cohérence et le caractère instrinsèquement social des objets qui s'y publient. On comprendra mieux, dès lors, l'effort de quelques-uns pour défendre les valeurs dont il est indissociable.
Voir l'intervention d'Alexandre Monnin
Séance du mercredi 23 novembre 2011 :
Science participative, apprentissage collaboratif : traitement collaboratif de problèmes et de grandes masses d'information, apprentissage par la recherche en réseau, quelles perspectives et quelles influences sur l'enseignement académique ?
Apprendre par la recherche, le jeu, et le questionnement
François Taddei
Directeur de Recherches à l'INSERM. Responsable de l'équipe biologie des systèmes et évolution INSERM U1001. Directeur de l'Ecole Doctorale Interdisciplinaire Européenne Frontières du Vivant Programme Liliane Bettencourt Fondateur du Centre de Recherches Interdisciplinaires (CRI).
Apprendre par la recherche procure une expérience sans égal, car on y trouve non seulement le savoir scientifique traditionnel que François Jacob qualifie de « science de jour », mais aussi la stimulation que seule l'exploration de l'inconnu procure lorsqu'on aborde « la science de nuit ». Malheureusement, trop peu de gens peuvent aujourd'hui faire l'expérience de la recherche en train de se faire, car celle-ci est faite dans des laboratoires bien équipés dans le cadre d'équipes de recherche expérimentées.
Néanmoins, de manière intéressante, différentes initiatives innovantes ont montré récemment qu'il était possible de promouvoir d'autres manières d'aborder la recherche via des jeux de découvertes scientifiques, des expériences de recherche à faible coût et des approches de « crowdsourcing » et de science citoyenne.
Ces changements de pratique innovants peuvent rendre la science de nuit accessible à tous via le web et un simple téléphone portable et permettre aux plus jeunes d'apprendre tout en contribuant au progrès de la recherche scientifique.
Voir l'intervention de François Taddei
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Do-it-yourself biology et hacklab « La paillasse »
Thomas Landrain
Doctorant en biologie synthétique à l'université d'Evry, cofondateur et président du hacklab de biologie La Paillasse (Do-It-Yourself Biology)
Le DIYbio, Do-It-yourself Biology ou encore Biologie de Garage est un jeune mouvement fleurissant qui vise à aider à rendre la biologie une poursuite utile pour les citoyens scientifiques et les biologistes amateurs. DIYbio est devenu rapidement le point de référence pour les biologistes amateurs dans le monde entier, unissant les participants du mouvement à travers son site web, ses forums en ligne, son blog et ses groupes régionaux comme l'association <http://www.lapaillasse.com/>La Paillasse. La Paillasse est le premier laboratoire communautaire, aussi appelé hackspace, en France à mettre à la disposition d'amateurs du matériel scientifique de biologie moléculaire pour la réalisation de projets citoyens.
Voir l'intervention de Thomas Landrain
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Questions-Réponses
Séance du mercredi 7 décembre 2011 :
Les observatoires virtuels : nouvelles gestions, structurations et mises à disposition des données dans le domaine des astres et des planètes.
Jean Aboudarham
Astronome au LESIA (Laboratoire d’Etudes Spatiales et d’Instrumentation en Astrophysique), Observatoire de Paris-Meudon, directeur de Virtual Observatory-Paris Data Centre.
Alain Sarkissian
Physicien adjoint au LATMOS (Laboratoire Atmosphères, Milieux, Observations Spatiales), UVSQ/CNRS
La répartition des données astronomiques dans des bases de données et des archives éparpillées dans le monde entier, leur volume parfois très important (un à deux tera-octets par jour pour le satellite SDO, une prévision atteignant 500 To par jour pour le futur European Solar Telescope vers 2020), la diversité de leur présentation (toutes les combinaisons possibles entre images, spectres, flux, nombre de coups, temps, ... données reliées, comme pour la polarisation ou l'interférométrie).
La possibilité d'utilisation scientifique de ces données se trouvait donc limitée par les possibilités d'accès. La réponse qui a été apportée, et qui est encore en cours de développement, est l'Observatoire Virtuel (OV).
L'objectif de l'OV est donc de permettre l'accès à toutes les données astronomiques. Il a pour ambition d'être global, universel. Pour cela, des standards doivent donc être définis.
La base de l'OV est l' "interopérabilité", ce qui nécessite un agrément international. C'est le rôle de l'IVOA (International Virtual Observatory Alliance, qui regroupe des représentants du monde entier) de définir les standards qui couvriront tous les champs de l'astronomie.
Sur la base de ces standards, des outils génériques ont été développés, permettant un accès enrichi aux données, de les comparer, les compléter, les "interopérer".
Nous présenterons quelques uns de ces outils, ainsi que la façon dont les standards sont utilisés pour faire passer les données d'un outil à l'autre.
De nouveaux domaines liés à l'astronomie sont en train d'avancer sur les problématiques d'OV : physique atomique et moléculaire, planétologie et héliophysique.
Dans l'ensemble de ce séminaire, nous nous pencherons plus particulièrement sur les aspects planétologie et héliophysique.
La première partie du séminaire présentera les bases et les avancées de l'OV. La deuxième partie sera sous forme de un ou deux tutoriels ou exemples liés à l'utilisation concrète de l'OV.
Voir l'intervention de Jean Aboudarham
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Voir l'intervention d'Alain Sarkissian
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Questions-Réponses
Séance du mercredi 14 décembre 2011 :
Nouveaux modes de publication scientifique, de validation et d'accès : quelles avancées pour le mouvement des archives ouvertes, pour la libre diffusion des connaissances scientifiques sur le web ?
Jean-Claude GUEDON, Professeur de littérature comparée à l'Université de Montréal. Prix d'excellence de la Society for Digital Humanities. Ancien vice-président de la Fédération canadienne des sciences humaines pour la dissémination de la recherche.
Le libre accès aux publications scientifiques : éléments d'une prospective prudente
Depuis environ dix ans, le mouvement de l'accès libre se déploie dans le monde. Ses progrès sont indéniables, et le sentiment que le libre accès est désormais ancré dans la réalité des communications scientifiques ne semble plus faire de doute : même les grandes maisons d'édition composent ouvertement avec ce modèle pourtant vu comme irréaliste et radical il y a seulement quelques années.
Fondé sur les dépôts institutionnels et thématiques, d'une part, et les revues en libre accès d'autre part, le libre accès agit aussi à titre d'indicateur de la numérisation croissante de nos cultures. Il révèle en particulier que la numérisation engendre des fonctions nouvelles pour les documents numériques et le prochain grand défi du libre accès sera de répondre à ces interpellations du numérique : rôle des données par rapport aux publications, convergences des médias d'expression, algorithmes "embarqués" dans les documents s'ajoutent aux questions plus traditionnelles des formats adéquats pour la publication électronique en libre accès.
En parallèle, la création de la valeur symbolique en science mérite d'être revisitée au travers du prisme qu'offre le libre accès. Actuellement complètement dominé, voire perverti, par l'obsession des classements et la concurrence tous azimuts, les publications scientifiques actuelles révèlent l'existence d'une confusion fâcheuse entre qualité et excellence. Relocaliser le rôle de l'excellence au sein d'une quête de la qualité semble urgent, et il n'existe pas de meilleur moyen d'atteindre cet objectif que le libre accès.
Séance du mercredi 11 janvier 2012 :
Logiciels libres, ressources libres, données libres : quels modes de développement, quels obstacles ? Quels enjeux pour la recherche, l'enseignement et au-delà ?
Roberto DI COSMO, Professeur d'informatique à l'Université Paris Diderot, INRIA et Directeur de l'IRILL
Logiciels libres : enjeux sociétaux et nouveaux défis scientifiques
Le logiciel est aujourd'hui pervasif, et fournit le moteur de la plupart des activités humaines ; les évolutions récentes de la technologie rendent maintenant incontournables l'échange et la collaboration.
Depuis des années, le Logiciel Libre se base sur un paradigme de développement collaboratif qui a permis de construire un patrimoine commun de technologies essentielles pour la société numérique d'aujourd'hui, mais qui nécessitent des changements organisationnels, économiques et technologiques importants.
Le passage à l'échelle de ce travail collaboratif pose des défis scientifiques nouveaux et intéressants, dont on donnera un exemple concret lors de cet exposé.
Voir l'intervention de Roberto Di Cosmo
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Antoine LATREILLE, Directeur du CERDI (Centre d'Etudes et de Recherches sur le Droit de l'Immatériel), Faculté Jean Monnet, Université Paris-Sud
Propriété des productions scientifiques : aspects juridiques
A l'heure où les pouvoirs publics français viennent de mettre en service leur plate-forme d'ouverture des données publiques (data.gouv.fr) ; alors que la plupart des établissements d'enseignement ou de recherche, publics ou privés, se lancent dans l'aventure des archives ouvertes (projet HAL du CNRS par exemple), les réseaux numériques s'imposent définitivement comme principal vecteur de dissémination des connaissances.
Mais ces données sont fréquemment objet de protection par un droit de propriété littéraire et artistique : principalement le droit d'auteur sur des œuvres littéraires à caractère scientifique ou technique et le droit des producteurs de bases de données.
Comment ces initiatives s'articulent-elles avec les mécanismes propriétaires consacrés par les lois nationales comme les conventions internationales ?
Les créateurs de contenus, notamment les enseignants et les chercheurs, sont-ils expropriés pour cause d'utilité publique ? L'avènement d'un « service public universel » concourt au développement de l'économie de la connaissance. Mais ces pratiques ne viennent-elles pas contrarier la mise en place de politiques de valorisation de la recherche ?
Durant cette conférence, nous ferons le point sur l'état du droit positif avant de nous interroger sur un équilibre possible entre ces deux forces contraires.
Voir l'intervention d'Antoine Latreille
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Séance du mercredi 25 janvier 2012 :
Les mathématiques à l'heure du numérique : simulation, modélisation, preuve, travail et apprentissage collaboratif
Gilles DOWEK, Directeur de recherche à l'INRIA
De la simulation informatique à la modélisation algorithmique : dans quel langage décrire le monde ?
Depuis le début du XVIIe siècle, le langage dans lequel la science s'écrit n'a cessé d'être l'objet de questions, tant pratiques que philosophiques. J'essaierai, dans cet exposé, de montrer que la révolution que constitue le développement de la simulation informatique est, avant tout, une nouvelle transformation du langage dans lequel se décrit le monde.
Voir l'intervention de Gilles Dowek
Questions - Réponses
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Laurent DESVILLETTES, Professeur, ENS Cachan, Laboratoire CMLA (Centre de Mathématiques et de Leurs Applications)
Quels changements dans les mathématiques appliquées ? Mécanique des fluides, physique statistique, dynamique des populations
L'irruption des ordinateurs individuels dans les années 80 a transformé en profondeur le travail des mathématiciens appliqués. J'essaierai de montrer, à partir d'exemples tirés de l'expérience des équipes de recherche dont j'ai fait partie, quel a été l'impact de cette informatique "légère" sur la recherche en elle-même (dans les thèmes sur lesquels j'ai travaillé : mécanique des fluides, physique statistique, dynamique des populations), mais aussi sur les activités périphériques de la recherche : rédaction des articles, travail éditorial, communications à distance avec des collègues, lien avec les informaticiens, etc.
Voir l'intervention de Laurent Desvillettes
Questions - Réponses
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Séance du mercredi 8 février 2012 :
Acquisition, structuration, accès, mise en réseau des données dans le domaine de la physique des particules. Quelles sont les nouvelles problématiques ?
Xavier GRAVE, ingénieur à l'IPN (Institut de Physique Nucléaire), Orsay
Narval, un cadriciel pour le traitement et l'acquisition en ligne d'un très grand nombre de données
Narval est un cadriciel dont le but est de faciliter le développement de systèmes d'acquisition de données. Il est principalement utilisé dans le domaine de la physique nucléaire mais s'adapte du simple banc de test aux expériences les plus complexes (détecteur AGATA).
https://forge.in2p3.fr/projects/narval
http://narval.in2p3.fr
Voir l'intervention de Xavier Grave
Présentation (pdf)
Christophe DIARRA, ingénieur à l'IPN (Institut de Physique Nucléaire), Orsay
La mise en réseau, la grille de calcul mondiale WLCG au service de la physique des particules
La grille de calcul WLCG (Worldwide LHC Computing Grid) est une infrastructure de calcul et de stockage distribuée mondialement. Le projet WLCG est le fruit d'une collaboration internationale de 35 pays et impliquant plus de 140 sites. WLCG permet le stockage et l'analyse des 15 Pétaoctets (15 millions de Gigaoctets) de données générées par an au CERN par l'accélérateur de particules LHC (Large Hadron Collider). WLCG est actuellement la plus grande grille de production à travers le monde avec une capacité de calcul de plus de 250000 coeurs et une capacité de stockage de plus de 150 Pétaoctets. Grâce à la grille de calcul WLCG, plus de 8000 physiciens à travers le monde peuvent accéder 24h/24 aux données du LHC et les analyser.
Au cours de l'exposé, j'aborderai l'historique et les motivations du projet LWCG. Je présenterai ce qu'est une grille de calcul et l'état actuel de la grille WLCG à travers le monde et en France. Je présenterai ensuite le projet GRIF (Grille de calcul au service de la Recherche en Île-de-France) dont l'IPNO est membre.
Voir l'intervention de Christophe Diarra
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Questions-Réponses
Séance du mercredi 14 mars 2012 :
Web sémantique, web social : quelles implications pour l'extraction d'informations, la gestion des connaissances et le travail collaboratif communautaire ?
Fabien GANDON, Chercheur à l'Inria, Sophia-Antipolis
Web sémantique et social : nouvelles pratiques de recherche et circulation des savoirs sur le web 3.0
Le web sémantique propose un jeu de langages (RDF, RDFS, OWL, SPARQL, etc.) permettant de publier et consommer des données liées et la sémantique des schémas de ces données. Nous verrons comment cette évolution du web ainsi que son couplage avec les approches et usages du web 2.0 ou web social nous permettent de proposer de nouvelles applications transversales aux systèmes d’informations existants. Nous défendrons l’idée que les métadonnées du web sémantique sont une clef du passage à l’échelle dans la gestion des ressources de plus en plus variées du web et que les approches sociales sont une clef de la gestion de ces métadonnées et de leur signification. Comme le web devient ubiquitaire et augmente notre réalité au quotidien, cette modification impacte toutes nos activités, y compris les pratiques et outils des chercheurs.
Voir l'intervention de Fabien Gandon
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Ioana MANOLESCU-GOUJOT, Directeur de recherche, Inria Saclay-Île-de-France et LRI, Université de Paris Sud
Le Web à l'heure du Linked Open Data : vers la base de donnée universelle
Les nouvelles technologies numériques remplacent peu à peu des fonctions que nous aurions crues "spécifiquement humaines", telles la mémoire ou le raisonnement [1] ; à cette liste est venue se rajouter même la curiosité [2]...
Le Web est l'un des outils informatiques ayant remplacé le plus de fonctions humaines. Sa fonction principale dès sa conception, est d'être une base de données meilleure, plus flexible, et plus puissante que les systèmes de l'époque [3].
Au delà de la base de données et du média d'information, c'est devenu aussi un formidable outil d'échange et de collaboration, permettant aux individus de croiser leurs connaissances et de faire émerger de nouvelles connaissances communes.
Nous nous intéresserons à la façon dont le principe des données ouvertes et interconnectées a été mis en place par des moyens technologiques et de la science informatique, à travers l'histoire du Web. Nous analyserons en particulier les possibilités offertes par les standards du Web tels XML, RDF, et RDF-Schema, d'un côté, et les mouvements sociétaux autour du thème Open Data, de l'autre, en particulier dans le domaine de la science.
[1] http://interstices.info/jcms/c_15918/les-nouvelles-technologies-que-nous-apportent-elles
[2] http://www.pyoudeyer.com/developmentalRobotics.htm
[3] http://www.w3.org/History/1989/proposal.html
Voir l'intervention d'Ioana Manolescu-Goujot
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Questions-Réponses
Séance du mercredi 28 mars 2012 :
Quoi de neuf en matière de technologies de l'information et de la communication pour l'enseignement et l'apprentissage des sciences ? Quelles ressources pour l'enseignement ?
Eric BRUILLARD, professeur en informatique, directeur de STEF (ENS Cachan et IFé)
TIC et apprentissage des sciences : des rapports ambigus
Si les technologies informatiques offrent des possibilités remarquables et bien répertoriées pour l'apprentissage et l'enseignement des sciences, les utilisations actuelles et les tendances perceptibles en paraissent parfois assez éloignées. Des questions multiples se posent notamment quant aux supports utilisés (par exemple tablettes, tableaux interactifs...), aux activités proposées aux élèves, aux modes de conception des ressources et à leur place possible dans l'enseignement, ainsi qu'aux incidences sur la manière de considérer l'apprentissage et l'enseignement de sciences. Des thèses soutenues prochainement (Harinosy Ratompomalala, Stanilas Dorey) attestent ainsi des difficultés d'utilisation de ressources disciplinaires dans les enseignements scientifiques scolaires. Dans la présentation, nous essayerons de faire un panorama des tensions qu'il est possible de repérer.
Hervé LE CROSNIER, maître de conférence à l'Université de Caen Basse-Normandie, où il enseigne les technologies de l'internet et la culture numérique. Il est en délégation de 2010 à 2012 auprès de l'ISCC (Institut des Sciences de la Communication du CNRS). Sa recherche porte sur l'impact de l'internet sur l'organisation sociale et culturelle, et l'extension du domaine des biens communs de la connaissance. Ses cours de culture numérique sont accessible en ligne (vidéo) http://herve.perso.info.unicaen.fr
Hervé Le Crosnier est membre de l'association Vecam (http://vecam.org) et du collectif d'animation du Forum mondial Sciences& démocratie.
Il publie des remarques sur les sciences dans le blog "Les puces savantes" (http://blog.mondediplo.net/-Puces-savantes-).
Après avoir été dix ans conservateur de bibliothèque scientifique, et créateur de la liste BIBLIO-FR, il est actuellement éditeur multimédia, chez C&F éditions (http://cfeditions.com).
Construire les communs de la connaissance et de l'éducation afin d'élargir l'éducation pour tous
Nous assistons sous nos yeux à un bouleversement radical des technologies de l'enseignement, notamment autour des nouveaux outils de partage et de diffusion du savoir en réseau et des méthodes de production et d'usage. Cette situation nouvelle est comme toujours un "pharmakon", qui contient autant de risques d'empoisonnement des relations éducatives au profit d'une vision réductrice et opérationnelle que d'opportunités pour construire un nouveau régime d'extension de l'éducation pour tous et tout au long de la vie.
Les Ressources éducatives libres participent de ce type de modèles exposés à cette nouvelle contradiction. Il appartient donc aux acteurs de faire basculer la situation vers le poison ou le remède.
Nous nous proposons d'offrir quelques points de repères pour évaluer la situation, mais aussi ouvrir des portes nouvelles pour l'action :
-
définition des Ressource Éducatives Libres
-
plus largement comment placer les REL dans la théorie des biens communs de la connaissance
-
quels sont les enjeux autour des normes juridiques de diffusion et partage des documents (droit d'auteur, licences d'usage,...)
-
biens communs et services publics à l'échelle du monde dans le débat d'orientation de l'éducation.
Voir l'intervention d'Eric Bruillard
Présentation (pdf)
Voir l'intervention d'Hervé Le Crosnier
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Questions-Réponses
Séance du mercredi 4 avril 2012 :
Biologie et numérique : structuration et traitement des données dans le domaine des molécules. De la cristallographie des protéines à la bio-informatique génomique.
Jérôme AZÉ, Maître de conférences en informatique, Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), équipe Bioinformatique, projet INRIA AMIB.
Du génome à l'interactome à l'aube des NGS de 3ème génération
La prochaine génération de séquenceurs va arriver sur le marché fin 2012 - début 2013 et les performances annoncées vont une nouvelle fois révolutionner significativement le domaine. Ces nouvelles technologies devraient permettre de séquencer un génome humain en moins de 15 minutes. L'obtention de la séquence d'ADN de tout organisme ne semble donc plus vraiment un problème, mais que faire de ces séquences qui ne sont que le point de départ de la chaîne d'analyse.
Nous présenterons dans cet exposé des méthodes permettant d'envisager le traitement haut débit des séquences protéiques (séquences de gènes codantes) pour en extraire des informations fonctionnelles (interaction entre protéines et nature physique de l'interaction).
Ces informations constituent l'un des éléments clés pour la conception in-silico de nouveaux médicaments.
Voir l'intervention de Jérôme Azé
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Questions-Réponses
Séance du mercredi 11 avril 2012 :
Visualisation de données : grandes masses de données, données dynamiques. Face à l'accumulation des données -scientifiques, issues du web (réseaux sociaux, open data) et des publications-, quelles nouvelles méthodes pour visualiser et manipuler de grands ensembles de données statiques ou dynamiques ?
Jean-Daniel FEKETE
Directeur de Recherche INRIA, responsable équipe-projet AVIZ (Analyse Vi(z)uelle) (Orsay), président de l'association francophone d'Interaction Homme-Machine (AFIHM), ancien président de la conférence IEEE Information Visualization
La recherche en visualisation de données : créer un télescope pour explorer l'information.
Les sciences produisent et collectent aujourd’hui des données en quantité astronomique. Comment les comprendre ? Comment les explorer ? Nous sommes face aux données comme des astronomes du 16e siècle avant l’invention du télescope. Heureusement, la visualisation de données remédie à cette lacune dans un ensemble d’univers numériques très divers : que ce soit pour explorer les résultats d'expériences scientifiques, l'évolution des sciences vue par les publications scientifiques, comprendre les stratégies sociales de tribus africaines, ou la nature des communications dans les réseaux.
Depuis une vingtaine d’années, le domaine de la visualisation d’information a fourni des représentations visuelles de données abstraites ainsi que des méthodes d’interaction pour en faciliter l’exploration. Notre présentation introduira les bases de la perception visuelle sur lesquelles sont bâties ces représentations - la perception pré-attentive - et montrera des exemples de nouvelles représentations visuelles pour des données réelles tels des tableaux multidimensionnels et des réseaux de grande taille.
Voir l'intervention de Jean-Daniel Fekete
Présentation (pdf)
Samuel HURON, Responsable du design à l'Institut de Recherche et d'Innovation du Centre Pompidou Doctorant dans l'équipe AVIZ de l'INRIA
Visualiser et collaborer avec Twitter
La disponibilité de flux de données sociales en temps réel permet de développer de nouveaux types d'outils.
Nous fournissons des moyens d'enrichissement de ces flux afin de faciliter leur structuration et visualisation.
Basées sur le réseau social Twitter, nous vous présenterons diverses expériences :
- d'enrichissement et indexation de conférence (Polemic Tweet))
- de monitoring d'activité politique (Bubble-TV)
- de sondage en temps réel (Bubble-TV)
Voir l'intervention de Samuel Huron
Présentation (pdf)
Benno SCHWIKOWSKI, Responsable du Laboratoire de Biologie Systémique à l'Institut Pasteur (Paris), qui développe des méthodes et outils informatiques (tels Cytoscape) pour l'interprétation de données biologiques à grande échelle.
Visualisation en biologie cellulaire : Cytoscape, un nouveau microscope numérique pour la biologie cellulaire des systèmes
La biologie cellulaire est entrée dans une ère où les nouvelles technologies commencent à fournir des jeux de données globaux et de taille importante, concernant des processus intracellulaires complexes à différents niveaux d'organisation biologique. Beaucoup de processus intracellulaires intéressants ont été modelés et affinés au cours d'une très longue évolution, et impliquent de nombreux éléments différents. La compréhension de ces processus fournirait une approche complémentaire radicalement nouvelle et puissante dans des domaines étendus de la biologie et de la médecine. Dans cette approche, les chercheurs sont confrontés au défi de la reconstruction de processus dynamiques et hautement complexes, à partir d'un certain nombre d'instantanés flous. La visualisation joue un rôle clé pour permettre aux chercheurs d'assembler les données, en comparant et en intégrant avec les connaissances existantes pour construire les scénarios émergents. Dans ma présentation, j'illustrerai les pratiques courantes de cette activité (également nommée biologie systémique) à travers la présentation de la plateforme logicielle de visualisation et d'analyse Cytoscape, et son application à quelques problèmes biologiques.
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